Sim, existe diferença. A saber, as despesas extraordinárias são aquelas que não se refiram aos gastos rotineiros do edifício, guardam relação com obras ou reformas que interessem à estrutura integral fa edificação. Como exemplo, podemos citar o que dispõem o parágrafo único do artigo 22 da Lei do Inquilinato, Lei n° 8.245/1991:
Art. 22. ...
(...)
Parágrafo único. Por despesas extraordinárias de condomínio se entendem aquelas que não se refiram aos gastos rotineiros de manutenção do edifício, especialmente:
a) obras de reformas ou acréscimos que interessem à estrutura integral do imóvel;
b) pintura das fachadas, empenas, poços de aeração e iluminação, bem como das esquadrias externas;
c) obras destinadas a repor as condições de habitabilidade do edifício;
d) indenizações trabalhistas e previdenciárias pela dispensa de empregados, ocorridas em data anterior ao início da locação;
e) instalação de equipamento de segurança e de incêndio, de telefonia, de intercomunicação, de esporte e de lazer;
f) despesas de decoração e paisagismo nas partes de uso comum;
g) constituição de fundo de reserva.
Quanto as chamadas extras, estas são comumente utilizadas nos condomínios como arrecadação suplementar, para cobrir uma receita insuficiente ou gasto imprevisto num determinado período. Importante destacar que se destinam a cobrir tanto despesas ordinárias, como extraordinárias.